En 2001 se incorporó al Club el fútbol femenino, manchester city camiseta que también desarrolló su propia estructura de fútbol base. Es el arma que tiene el Villarreal. La organización de estas ligas, depende de las «Federaciones Territoriales» que a su vez se encuentran integradas en la Real Federación Española de Fútbol. No obstante, una vez fichado se le puede ofrecer al jugador sin problemas una renovación con una cláusula de rescisión astronómica. Una vez recuperada la Tercera División, la temporada 1989-90 fue prometedora con un CE Europa que optó al ascenso directo a Segunda B en dura pugna con la UE Sant Andreu, aunque finalmente cedió hasta el quinto lugar. Desde 2012, y después de varias temporadas con resultados medianos en Tercera división, el CE Europa ha vuelto a rondar las posiciones de privilegio. Según datos presentado por LaLiga, los ingresos se redujeron 2.013 millones de euros entre los equipos de Primera y Segunda División en las temporadas 2019-20 y 2020-21, 1.030 millones netos con la reducción de gastos en 984 millones. La temporada 2016-17 fue deportivamente mala e incluso se sufrió por la permanencia en Tercera división hasta las últimas jornadas de la competición, quedando finalmente duodécimo clasificado.
Albadalejo mejoró un poco la situación del equipo, los demás clubes involucrados en la lucha también hicieron lo mismo y el Europa firmó su descenso faltando dos jornadas para finalizar la temporada. El mercado ha arrancado oficialmente, y al Fantasy de MARCA le queda poco para hacerlo. River Plate vs Deportivo Maldonado: 3:00 p.m. 4:00 p.m. Tigre vs. ↑ Al no haberse disputado el torneo desde 1910 en adelante, año en que Olimpia ascendió al certamen de honor aunque si bien todavía el torneo era amateur. Que bien presionó Carmona para robar el balón y conectar con Javi Fuego, que se la puso al delantero del Sporting. El escudo refleja dos de los objetos más característicos del fútbol, el balón y la portería. Se formaron nuevas peñas y aumentó su participación en la animación, más allá del primer equipo, y participación social. De cara a la temporada 2022-23 el Europa ascendió a Ignasi Senabre al puesto de entrenador del primer equipo, luego de haber tenido un buen desempeño al frente del equipo Juvenil «A» del club. Con Senabre al frente y conservando a varios elementos de la temporada anterior el Europa empezó a dominar con cierta facilidad el Grupo V de la Tercera Federación, por lo que llegó a tener una ventaja de ocho puntos ante la Unió Esportiva Sant Andreu, segundo lugar del grupo, aunque en la parte final de la temporada el Europa estuvo cerca de perder el primer puesto, finalmente, el 23 de abril de 2023 los escapulados consiguieron el campeonato de la Tercera Federación y su regreso a la Segunda RFEF tras un año de ausencia, luego de derrotar por 2-0 al Club de Fútbol Montañesa.
El Europa fue colocado en el Subgrupo A, el 25 de octubre de 2020 inició la temporada con una victoria por 1-0 ante el FC Vilafranca, durante toda la primera fase el equipo demostró buenas sensaciones que le llevaron a terminar en la primera posición del subgrupo con 44 puntos, por lo que pudo acceder a la etapa por el ascenso directo a la nueva Segunda División RFEF. Desde entonces se ha clasificado cuatro veces consecutivas para la fase de ascenso a Segunda División B, consistente en superar tres eliminatorias contra otros tantos equipos del resto de grupos de la Tercera división. Tras clasificarse tercero en la liga y disputar la fase de ascenso a Segunda División B sin éxito durante cuatro temporadas consecutivas, el equipo bajó su rendimiento. En la segunda fase de la temporada, el Europa compartió grupo con Vilafranca, Terrassa, Girona «B», Granollers y Cerdanyola del Vallès FC, en una liguilla de seis partidos en la cual solo se enfrentaría contra clubes del Subgrupo B. Luego de dos victorias en las primeras jornadas de la fase, el 25 de abril de 2021 el Europa debía ganar al Cerdanyola para asegurar el ascenso a la nueva categoría, finalmente los escapulados derrotaron por 4-2 al equipo rival y de esta forma lograron la promoción de categoría 26 años después.
Después de un inicio irregular, el equipo fue progresando hasta colocarse entre los primeros clasificados y alcanzar las posiciones de fase de ascenso cuando la temporada fue interrumpida por culpa de la crisis de la COVID-19 a falta de 10 jornadas por disputarse. En la temporada 2014-15 el equipo vuelve a quedar tercero en la fase regular. En las casas de apuestas, el equipo barcelonista solo está por encima del Atlético y el Borussia Dortmund en cuanto a favoritismo. Las dos temporadas siguientes fueron deportivamente mejores y el CE Europa transitó por los puestos altos de la clasificación, pero sin conseguir ubicarse entre los cuatro mejores clasificados. El CE Europa ha tenido una actuación muy destacada en cuatro de las ediciones disputadas. Pareció ser un espejismo, pues en las temporadas siguientes volvió a rondar los lugares bajos de la clasificación, muy cerca del descenso. A pesar de ello, el Club seguía ocupando la zona media-baja de la clasificación temporada tras temporada y el riesgo de un nuevo descenso a Regional Preferente se consumó nuevamente al término de la temporada 1985-86. Nuevamente el equipo tardó tres temporadas más en recuperarse, e incluso en la temporada 1986-87 tuvo más cerca del descenso que del ascenso.